La Ley 39/2003, de 17 de noviembre, del sector ferroviario, ha impulsado una reordenación completa del transporte por ferrocarril de competencia estatal y ha sentado las bases que han facilitado la apertura gradual del mercado en este modo de transporte y la aparición en él de nuevos operadores, con el objetivo último de convertir el ferrocarril en un modo de transporte competitivo. Para ello, incorporó al ordenamiento interno las normas comunitarias que integran el denominado primer paquete ferroviario: la Directiva 2001/12/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 26 de febrero de 2001, por la que se modifica la Directiva 91/440/CEE sobre el desarrollo de los ferrocarriles comunitarios, la Directiva 2001/13/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 26 de febrero de 2001, por la que se modifica la Directiva 95/18/CE del Consejo sobre concesión de licencias a las empresas ferroviarias y la Directiva 2001/14/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 26 de febrero de 2001, relativa a la adjudicación de la capacidad de infraestructura ferroviaria, aplicación de cánones por su utilización y certificación de la seguridad.
El régimen legal que establece la Ley 39/2003, de 17 de noviembre, se apoya en tres pilares. En primer lugar, la separación, orgánica y funcional, de las actividades de administración de la infraestructura y de explotación de los servicios de transporte ha conducido a la ruptura del monopolio estatal y de la unidad de explotación tren-infraestructura que había imperado en nuestro país desde la mitad del siglo XX. Ello condujo a la reorganización de Red Nacional de los Ferrocarriles Españoles (RENFE), hasta entonces operador exclusivo de transporte en la red ferroviaria estatal, con la segregación institucional de las áreas de gestión de la infraestructura y de operación del transporte y la creación de las entidades públicas empresariales Administrador de Infraestructuras Ferroviarias (ADIF) y RENFE-Operadora, que ha servido de base finalmente para la reestructuración del sector ferroviario estatal.
En segundo término, la ley puso en marcha un proceso de liberalización progresiva del transporte ferroviario, con aperturas sucesivas a la competencia: del transporte de mercancías inicialmente, del transporte internacional de viajeros a continuación y la recientemente iniciada del transporte interior de viajeros.
El tercer pilar de la Ley 39/2003, de 17 de noviembre, fue la creación de un órgano regulador, el Comité de Regulación Ferroviaria, al que se encomendaron funciones de supervisión y de resolución de los conflictos entre el administrador de infraestructuras ferroviarias y los operadores del mercado ferroviario, o de estos entre sí, para garantizar el correcto funcionamiento general del sistema. La Ley 3/2013, de 4 de junio, de creación de la Comisión Nacional de los Mercados y la Competencia, suprimió el Comité y atribuyó sus funciones al nuevo órgano regulador.